A polêmica em torno dos organismos Transgênicos se concentra principalmente em torno dos alimentos de origem transgênica.

Diversas entidades internacionais condenam a produção de vegetais e alimentos transgênicos, pois ainda não se conhecem todos os efeitos do consumo desses alimentos sobre a população ou sobre animais que os consomem (como gado ou aves).

Essas entidades (Greenpeace, por exemplo) estão sempre promovendo manifestações e protestos contra os alimentos transgênicos. Essas manifestações ocorrem principalmente na Europa, onde existe um medo crescente em relação a problemas alimentares, justificado por recentes epidemias como a da vaca louca, por exemplo.

Quanto aos animais transgênicos a polêmica é menor. As grandes entidades não atacam tanto a produção de animais por reconhecerem sua capacidade de ajudar no desenvolvimento da medicina.

Os principais protestos contra animais transgênicos ainda vêm de entidades ligadas a grupos religiosos, que acusam os cientistas de "brincarem de Deus". Esses protestos são isolados e não representam, pelo menos por enquanto, uma ameaça à produção de animais transgênicos.